Nejstarší částí kliniky je kostel Sv. Kateřiny, jehož gotická stavba vznikla v době založení Univerzity Karlem IV. Z původní stavby zbyla byla pouze štíhlá hranolová věž, která tvoří průčelí dnešního kostela.

Architekty sálové barokní stavby s polokruhovitými křížovými rameny z let 1737-1741 byli Kilián Ignác Dientzenhofer a František Maxmilián Kaňka. Na vnitřní výzdobě se podíleli štukatér Bernard Spinetti a sochař František Weis. Nástropní fresku vytvořil Václav Vavřinec Reiner.

Bývalá budova konventu a rozsáhlá zahrada jsou chráněnou kulturní památkou Prahy. Uvnitř bývalého konventu a pozdější německé psychiatrie byla zásluhou akademika Kamila Hennera v r. 1945 zřízena Neurologická klinika, která zde funguje dodnes.